Pusat Penelitian dan Pengembangan (Puslitbang) Limnologi, merupakan Pusat Riset yang dilahirkan pada tanggal 13 Januari, 1987. Puslitbang ini merupakan restrukturisasi dari institusi yang lebih besar, yaitu Lembaga Biologi Nasional (LBN). Sebagai pertimbangan dan pemikiran didirikannya institusi ini adalah kepentingan dan kebutuhan akan penelitian di bidang ilmu pengetahuan alam di Indonesia dinilai makin penting, khususnya yang mengkaji tentang interaksi antara faktor-faktor: fisika, kimia, biologis, hidrologi, dan geologi pada ekosistem perairan darat. Selain itu juga didorong oleh tuntutan kesetaraan antara penelitian yang menangani masalah kelautan dan perairan darat. Kajian-kajian tentang ekosistem perairan darat ini tidak akan dapat tertangani oleh satu lembaga yang hanya mengurusi bidang ilmu pengetahuan biologi dan dibutuhkan bidang keahlian lainnya termasuk fisika, kimia, hidrologi, dan geologi. Kajian yang dilakukan lebih mengarah kepada tinjauan perairan darat dari sudut pandang ekosistem. Pengertian perairan darat disini adalah semua bentuk genangan air di permukaan bumi ke arah darat dari garis pasang surut terendah baik berair payau atau tawar seperti : sungai, rawa, danau, situ, lahan basah, reservoir, genangan, embung, dan bendungan.
Pada saat itu melalui SK Presiden No.1 tahun 1986, lahirlah Pusat Penelitian dan Pengembangan Limnologi (Puslitbang Limnologi LIPI), yang mempunyai tugas pokok dan fungsi menyelenggarakan kegiatan penelitian dan pengembangan, peningkatan kemampuan masyarakat ilmiah, memberikan pelayanan jasa dan memansyarakatkan iptek di bidang limnologi (perairan darat di Indonesia). Seiring waktu berjalan, Puslitbang Limnologi, melalui Keputusan Presiden No.178 tahun 2000 dan Surat Keputusan Kepala LIPI No. 1151/M/2001 mengalami perubahan nama menjadi Pusat Penelitian Limnologi, yang berada dibawah Kedeputian Bidang Ilmu Pengetahuan Kebumian (IPK). Saat ini, Puslit Limnologi memiliki 4 kelompok penelitian tentang perairan darat, yaitu: Kajian Potensi dan Konservasi Sumber Daya Perairan Darat, Pengendalian Pencemaran Perairan Darat, Rekayasa Sumber Daya Perairan Darat, dan Mitigasi Bencana Lingkungan Perairan Darat.